当企業団は、わが国で最初と言われる農村地帯の地方広域水道のモデルケースとして昭和３０年に誕生した佐久平上水道組合を前身としています。
昭和２９年、当時の南佐久郡下１０箇町村が集まり、一部事務組合として佐久平上水道組合を設立することが決定され、翌昭和３０年に設立許可を受けて正式に佐久平上水道組合が発足しました。同年９月に水道事業経営認可を受けましたが、水道管が全地域鋼管設計であったため、建設費が膨大となり、このため大蔵省から建設費引き下げを勧告されました。そこで当初の計画を変更、鋼管を石綿管に変更し、昭和３２年改めて認可を受け、工事に着手し、総工事費約３億円にて昭和３５年に完成しました。
その後も拡張工事が進められ、昭和４１年４月に佐久平上水道組合、佐久市御代田町水道組合、御代田町簡易水道、佐久市東簡易水道、臼田町三反田水道の大合併により、現在の構成市町村による県下でも大きな水道事業となり、広域水道行政の確立と以後の地域発展に磐石の基盤を備えるものとなりました。
昭和４２年１月に佐久平上水道組合から現在の佐久水道企業団に改名し現在に至りますが、この間、市町村や財産区で管理されていた簡易水道等が、水源の枯渇や施設の老朽化等により、次々と経営移管の申し込みがされ、地域への安定供給と広域化推進のため、簡易水道等の移管を随時受け入れてきました。
このように受け入れた簡易水道等は、簡易水道事業間の統合や上水道への統合を行い、整備を進め、現在では上水道１事業の経営を行っています。
当企業団は、このように合併や簡易水道等の経営移管により事業規模を拡大し、発展してきた水道です。